В битриксе можно подключить стили/скрипты двумя способами.
Первый — в файле /bitrix/templates/используемый_шаблон/header.php вставить строки

<script type="text/javascript" src="/путь/скрипт.js"></script>
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="/путь/стиль.css" />

Иногда не требуется подключать скрипты на всех страницах сайта, особенно, если они громоздкие, подойдет следующий способ, где указанный код вставляется в файлы шаблонов компонентов template.php:

$APPLICATION->AddHeadScript('/путь/скрипт.js');
$APPLICATION->SetAdditionalCSS('/путь/стиль.css');

У второго способа есть весомое преимущество — при включении галочек Объединять CSS файлы, Объединять JS файлы, Создавать сжатую копию объединенных CSS и JS файлов новые скрипты также будут оптимизироваться.

<?$APPLICATION->AddHeadString('<script>var x=1;</script>',true)?>