Привыкли работать в IDE и вам не хватает функционала форматирования с помощью горячих клавиш, тогда читать!

Заходим в Плагины -> Plugin Manager. Устанавливаем плагин Indent by fold. Функционал форматирования уже есть, но горячие клавишы не настроены, исправляем..

Заходим в Макросы -> Измен. гор. клав./Удалить макро.. -> вкладка Plugin commands -> Ищем строку Reindent File, добавляем сочетание, например ALT + L.
Тестируем и радуемся!

Format code PHP in Notepad++

Install plugin Indent by fold and add hotkeys in Macros -> Plugin commands for row Reindent File.
Info from http://softwarerecs.stackexchange.com/questions/1496/auto-indentation-plugin-for-notepad