Обновление вручную, так как сервер свой. Для Apache или nginx есть решения получше.

Для начала пишем в консоли:
sudo certbot certonly

Выбираем 2 пункт
2: Place files in webroot directory (webroot)

Указываем доменные имена
example.com www.example.com

Далее certbot попросит указать пути к webroot для всех сайтов по очереди.

Через 3 месяца можно выполнить команду, чтобы создались новые сертификаты.
sudo certbot renew


ln -s /etc/letsencrypt/live/example.com/fullchain.pem /home/.../server-ssl.crt
ln -s /etc/letsencrypt/live/example.com/privkey.pem /home/.../server-ssl.key