Для парсинга файлов xls, xlsx всегда использовал библиотеку PHPExcel.
Обнаружил старенькую библиотеку php-excel-reader, которая намного легче и использует другой механизм чтения.
http://code.google.com/p/php-excel-reader/
Для yii 1.1:
http://www.yiiframework.com/extension/php-excel-reader/
Файл 10мб с 44000 строками и 7 столбцами обработала за 30 секунд. Если сравнить с PHPExcel, то вторая тоже самое сделает больше чем за час при ограничении памяти в 1гб.
Не разобрался как только средствами данной библиотеки парсить файлы в незивестной кодировке (UTF-8 или CP1251), накопал такое решение.
Уведомление: Быстрый парсинг XLS с помощью xlhtml | Тамизмани
Парсер конечно быстрый, и я им когдато пользовался.
К сожалению он не поддерживается, и не раз сталкивался с проблемами парсинга сложных хлс файлов, поэтому альтернативы лучшей чем PHPExcel нету, да и не могу поверить что такая разница в обработке 30 сек и 1час +, скорее всего вы не разобрались с настройками этого мощного модуля.
Я грешу все-таки на сервер VPS, с 3гб оперативы и 4 ядерным процом
После смены хостинга на другой, где машинка хуже, PHPExcel стал работать намного быстрее